生活在秘密下水道里的四只有兄弟情的小海龟被主人训练成为功夫高超的“忍者神龟”。开始追查一个神秘的犯罪团伙，但随着一个强大人物的到来，变种人大军——同样是变种人的忍者神龟知道大麻烦要来了……