【2021年部分剧集(#942-993)将陆续上线】主角工藤新一原本是一个知名的高中侦探。在目睹了一个黑暗组织的地下交易后，他在准备追查时被一次突袭击晕，并被给予了一个名为“APTX4869”的不明毒品代号。虽然后来死里逃生，但身体却退化到了小学生的程度。后来，他化名柯南江户川，在邻居阿笠博士的建议下，住进了侦探毛利小五郎，也就是他女朋友毛利兰的父亲的家里，继续秘密从事黑暗组织的工作，私下探索获得解药的渠道，希望恢复他原来的新面貌。与此同时，柯南凭借自己的推理天赋和阿笠博士发明的道具帮助毛利小五郎成为一名著名的侦探。故事中穿插了很多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇的情节。