正在太平洋上调查UFO坠落事件的海上自卫队第二指挥官董贵文(大成叶仙饰)遇到了突然出现的蓝光，受到发光体的影响，导致遗传因子标准恶化，成为凶残的怪物之一。之后他(那个人)逃脱了防卫厅内的特殊机构BCST(生物工程研究所)的监视，从此再无健全的训练。另一方面，航空自卫队F15J飞行员木神一(别所哲也饰)决定辞去官职，以便有更多时间陪伴患有先天性疾病的儿子。在最后一次飞行中，真木在空中遇到了一个“红色发光体”。这件事发生在事发三个月后。但是真木奇迹般的活了下来，然后跳槽成为了一名民航飞行员，开始了新的生活。仍然有一些组织对这种实木非常关注，特别是BCST的化学官员水原沙罗。BCST强行拿走了真正的木材，并在一个废弃的工厂里建立了一个BCST实验室进行物理监测。这个时候，那个，一个行踪不明的怪物，似乎被什么东西吸引，回来了。在那次攻击中奄奄一息的真木，在红色光球的力量下，身体变形了！变成10米高的钢铁身躯，银色的光芒，偶尔还有自己意志的真木，与那一个战斗。但由于转化不彻底，能量消耗过快，果断一击后又变回实木的形状。然后沙罗把那一个之后出现的生命命名为“下一个”。在从东京返回BCST实验室的途中，真由子得知了儿子跟随他的梦想住进医院的消息，并在到达医院后再次见到了妻子訾荣。这个时候，人类最大的危机出现了，那个把各种生物都吸收到体内变异了的‘那个’又回到了新宿街头，街道被他口中喷出的燃烧弹烧得一片狼藉。慈悲人格被‘那一个’取代了，变成了一种无法变回人的状态。然而，这是一对与水原沙罗订婚的夫妇。为了沙罗心中的记忆，为了和儿子约定追随梦想，为了保护心爱的家人，真木又变了。那个姿势演变成了一个40m的巨人，间接部分红如血，肘刀。现在以新宿副市中心为舞台，奥特曼与‘The One’决战之火开始燃烧！