《TOKYO MER》正式认证已经半年了。北见因寻找第二位医生来接替音羽而感到困扰，音羽已经离开团队，在全国指定城市开展 MER 手术。要求在团队内晋升的呼声越来越高，但音羽坚持认为希娜应该从事心血管外科的职业。阳菜也感受到了压力，担心自己能否取代音羽的位置。这时，Aoto作为支援医生来到MER。青户和乙羽一样，也是厚生劳动省的医疗工程师，表面上是作为第二名医生的候补人选而被派遣的，但厚生劳动省背后是有意图的。这时，隅田川上发生了大型水上巴士与船屋相撞的事故。载有多名伤者的船屋失去控制，失控。 MER成员赶到现场，但无法接近船只，也无法进入。事实证明，船底燃油泄漏可能会导致大量病人爆炸！为了拯救被遗弃的人们，北见和他的朋友们展开了一场意想不到的战斗。这是对死亡的挑战。