初中二年级学生鹿目圆过着平凡而快乐的生活。晓美焰，一个神秘的转学生，开始改变小源的命运。一个名叫丘比特的神秘生物希望小源能与它签订一份魔法合同，成为一名“魔法少女”，与邪恶的女巫战斗，保护世界。就在犹豫和担心的时候，在她的朋友沙先变成“魔法少女”后，两个人才发现当初签约后要付出的代价远远大于他们的想象，甚至更加残酷。所有这些事实再次冲击了小源成为一个神奇女孩的想法。