明朝嘉靖年间，朝廷严党当道，政府内部腐败，沿海倭寇猖獗。明朝危在旦夕。南京城内，南京连长的儿子程，年轻有为，想和儿时玩伴李之娥成亲。但两家联姻引起了朝廷高官明德的忌惮。于是，明德设计提拔成的结义兄弟高，并假传圣旨，要杀成全家。高感到内疚，让程活了下来，但他们从此结下了仇人。身负重伤的闻道被少林僧人救到少林药房救治，一个关于“禅、武、医”的故事就此展开。