故事发生在不久的将来的日本，一个叫做Shuse的城市。市民们过着普通的生活，只是在城市的一个角落里，矗立着一座医疗机器厂，看起来就像山上的钢铁。在某个固定的时刻，工厂排放出大量的蒸汽，就像刚刚熨好的东西。六年级小学生智太和高中的女生真的很漂亮。池哥的女朋友，在国外读书，一起在河边度过。这一天，和往常一样，以传说中的蜜蜂少女——景子驾驶的摩托车撞上智台而告终。头上长着奇怪的角，景子实际上成了太极家族的仆人？她眼睛的秘密和她经常背诵的“FLCL”的含义极大地改变了芝泰的生活。